不管是淡水还是海洋水族馆都常常面临以下两个问题：一是海水中海藻逐渐增多；二是水中寄生虫会导致鱼类疾病。在这里杀菌灯管显示出它的优点。

温水为微生物的生长提供了良好的条件，而人造光则促进藻类的生长。对此可以使用鱼池的消毒系统，而对于私人的养鱼池仅使用一套杀菌灯管即可。使用杀菌灯管时应注意抽水速度，不要太快，要尽可能慢，以保证自来水有足够的时间停留在灯管前面，有利于提高杀菌率和藻类的积累。

在水塘和水族馆中使用杀菌灯管还有利于除去新进鱼带来的寄生虫，这种寄生虫有时会带来灾难性的后果。UVC处理特别有利于去除悬浮的游动孢子，抑制繁殖，并在短时间内保持水不含寄生虫。甚至已经感染细菌的鱼的病态症状也得以消失。